Program Studi S1 Akuntansi adalah salah satu program studi di Fakultas Ekonomi UNIMUS yang mendapat izin operasional pada tanggal 7 Juli 2008 dengan Nomor SK Izin Operasional SK Mendiknas No. 2092/D/T/2008 di Jl. Kasipah no.12 Semarang. Program Studi S1 Akuntansi ini sudah menjalani proses visitasi pihak BAN-PT untuk proses pengurusan akreditasi pada bulan November 2011, dan saat ini Program Studi S1 Akuntansi UNIMUS sudah terakreditasi.
Walaupun masih berusia sangat muda, Program Studi ini aktif dalam kegiatan Tridarma Perguruan Tinggi, termasuk juga aktif sebagai penyelenggara maupun peserta kegiatan seminar/pelatihan dalam rangka meningkatkan kompetensi dan keahlian civitas akademika.
Mahasiswa Program Studi S1 Akuntansi UNIMUS juga aktif dalam kegiatan kompetisi yang dilakukan dalam skala local maupun nasional. Prestasi yang sudah diraih oleh mahasiswa selama ini adalah Kompetisi Program Kreativitas Mahasiswa Kewirausahaan (PKMK) yang didanai oleh DIKTI pada tahun 2008, 2010 dan 2011 dan Program Mahasiswa Wirausaha (PMW) pada tahun 2009 yang didanai oleh KOPERTIS.